Guerra contra la Confederación Perú-Boliviana

Otro suceso muy importante que ocurrió durante el gobierno de Jose J. Prieto, fue la guerra contra la Confederación Perú Boliviana. Fue un enfrentamiento bélico acaecido desde el año 1836 hasta 1839. En los inicios de la Confederación, fuerzas peruanas al mando de Felipe Santiago Salaverry se enfrentaron a las fuerzas confederadas, la Guerra entre Salaverry y Santa Cruz terminó con la derrota y fusilamiento de Salaverry. Posteriormente la Confederación Perú-Boliviana se enfrentaría a la Confederación Argentina dirigida por Juan Manuel de Rosas que se disputaban territorios del altiplano. Temporalmente el ejército de Andrés de Santa Cruz logró prevalecer. Finalmente, y en un tercer plano de la guerra, la Confederación Perú-Boliviana se enfrentaría con la República de Chile, que a su vez se aliaría con el reinventado Ejército Restaurador del Perú, los que terminarían por derrotar a los confederados luego de batallas que se libraron principalmente en los territorios del actual Perú. La guerra terminaría con la victoria de las tropas chileno - restauradoras, determinando la disolución de la Confederación Perú-Boliviana y el fin del gobierno de Andrés de Santa Cruz en Bolivia. En Chile la victoria en esta guerra fue muy positivo, ya que el pueblo subió considerablamente su ego, estableciendo así más confianza dentro del país.