El ambiente alrededor del ministro se enrareció, sus medidas extremas le granjearon la animadversión de muchos de los soldados, que no entendían las razones de la guerra y creían que era sólo para depurar al ejército de los liberales que aún había en él. En el mismo mes de los fusilamientos se había acantonado en Quillota el batallón Maipú, al mando del coronel José Antonio Vidaurre. Portales había confiado en las capacidades de este militar y le entregó toda su confianza, pero desafortunadamente para él, Vidaurre no era precisamente un modelo de lealtad. Entró en contacto con los conspiradores contra el gobierno, decidiéndose a dar un golpe en Valparaíso, apoderarse de la escuadra, y si no se le plegase el resto del ejército, huir con las naves al Perú. Vidaurre decidió colocarle una trampa al ministro, ante el temor de que hubiera descubierto su conspiración. Si fracasaba en su plan sabía que el único en el país que se atrevería a fusilar a un coronel era Portales. El 2 de junio llegaba el ministro al lugar, yendo a saludarlo de inmediato el coronel Vidaurre. Al día siguiente empezó a pasar una revista general. El coronel mandó en ese momento a que parte de su regimiento (que no estaba siendo revisado), se dirigiese al flanco izquierdo, formando un cuadro en el que encerraron a Portales y su comitiva. La noticia del motín llegó a la capital el mismo día que se firmaba el acta, despachando de inmediato el gobierno a los cívicos y soldados, mientras en Valparaíso Manuel Blanco Encalada preparaba la defensa de esa ciudad. Alarmado porque la revolución no se propagaba, intentó como último recurso obligar a Portales a escribir una carta a Blanco Encalada para que rindiera la plaza. Donde Portales accedió, ya que su vida estaba en juego. Blanco rechazó terminantemente la petición de la carta. Cuando Vidaurre les leyó la respuesta de Blanco a sus compañeros, se decidió la suerte de Portales, ya que su vida ya no era de utilidad. Florín esperó al mensajero de Vidaurre, que debía traer la confirmación del destino de Portales. Cuando esta llegó, se dirigió donde se encontraba, ordenando hacer fuego contra el ministro.Donde en la madrugada del día 6 de junio de 1837, el ministro Diego Portales fallece, tras ser baleado a "quema ropa" por los soldados sublevados. Los cuales posterior a este hecho fueron derrotados por las fuerzas de Blanco Encalada en el combate del Barón. Los soldados del Regimiento Valdivia encontrarían los restos del ministro, los que fueron trasladados a Santiago y enterrados en la Catedral. Los oficiales amotinados fueron capturados y ejecutados. En el centro de la Plaza de Armas de Quillota se expuso la cabeza del Coronel Vidaurre, y sus brazos se ubicaron en el lugar donde fue ultimado Portales. El gobierno de Chile tras su muerte entraría en la Guerra contra la Confederación Perú-Boliviana, inclusive con apoyo popular por considerarse que existió intervención de Andrés de Santa Cruz en la muerte del ministro. La Confederación Perú-Boliviana es disuelta tras la batalla de Yungay.
